Das Grundproblem ist einfach erklärt: pip und APT sind beides Paketmanager zum Installieren von Softwarepaketen. APT ist dabei das Standardwerkzeug, um weitere Anwendungen zu installieren und Updates durchzuführen. Hier können verschiedene Quellen eingebunden werden, auch Python-Pakete. Mit pip hingegen können nur Python-Pakete installiert werden. Und genau hier liegt die Überschneidung. APT und pip können die gleichen Pakete installieren. Dies kann jedoch zu Konflikten und Abhängigkeiten führen, was zu Fehlern führen kann, die nur schwer zu beheben sind.

Daher wird pip in zukünftigen Versionen von Kali Linux nicht mehr unterstützt. Eine Möglichkeit, Python weiterhin klassisch zu installieren, sind virtuelle Umgebungen. Hier werden für einzelne Python-Projekte oder -Anwendungen virtuelle Umgebungen gestartet, in denen Pakete unabhängig von den systemweit installierten Paketen installiert werden können. pipx ist z.B. ein geeignetes Tool.

Alle Informationen zur bevorstehenden Änderung gibt es im offiziellen Blog von Kali Linux: Pip install and Python’s externally managed